يقدم الكثير من الإجراءات المتميزة و التي يتصدرها العلاج الجراحي في الصرع، جراحة الأورام الدماغية و تشوهات الأوعية الدموية الدماغية، زراعة قوقعة الأذن، جراحة التشوهات الخلقية عند الأطفال، الجراحات التجميلية، عمليات زراعة النخاع العظمي للأطفال و البالغين، عمليات تنظير الجهاز الهضمي بواسطة الكبسولة الذكية، معالجة السمنة بواسطة المنظار، إستخدام أجهزة شفط الدهون، جراحات المنظار، معالجة العقم و أطفال الأنابيب، معالجة الأحمال ذات الخطورة العالية، مختبر لمعالجة إضطرابات النوم، و وحدة الأمراض النفسيّة. كذلك و يحتوي المستشفى على كافة الإختصاصات الطبية السريرية الأساسية و الدقيقة و الفرعية. أيضاً، يولي مستشفى الجامعة الأردنية إهتمام بالسياحة العلاجية للأجانب و الذين يصل عددهم إلى حوالي 9,000 مريض سنوياً من أكثر من 25 جنسية.
